人们对系统的认知不断地在发展，已经从机械系统，到有机系统，后来逐步走到生物系统，再进而到混沌系统，最后走到了演进中的复杂系统。

1、机械系统——简单的输入与输出管理
机械系统认为系统的各个机能之间因果反应，可预测，可管理，可拆可合。机械系统最简洁的功用就是输入与输出管理，其中间过程是简单的单因素或为数不多的因素之间相互关联形成的最初级链式传导，每个环节可以进行严格控制，结果可预测可管理。
2、有机系统——元素的关联性管理
有机系统论认为系统是多个要素之间集成化，生态化的必然。只要抓住系统一些关键因素，然后输入成长因素，就可促成系统成长，由此导出了大名鼎鼎的制度经济学派，其核心认知就是一个系统是由最内核的几个核心制度决定的。
咨询公司之所以能活下来，就是靠有机学派的理论支撑着它微弱的信心，世界是有机的，战略是有机的，只要把它画龙点睛，几个核心的要素抽出来，核心的体系设计好，逻辑化，必将赚到更多的钱。而整合营销学说，品牌学说，企业文化学说，更是有机系统理论的私生子。
3、生物系统——系统是有基因的
紧接着另外一个学派豁然登上历史舞台，认为系统就是个生命，它是活的，它有基因的。如果说制度设计学派核心就是要素设计，而生物学派认为系统是有基因的，不是简单的制度安排，是设计它的基因，从而影响它的发展，未来和命运。波音，洛克西德马丁，可口可乐，沃尔玛，按照这个学说来设计自己的生态系统，并取得了丰硕的成果。
4、混沌系统——突变效应与嵌套结构的影响式管理
在上世纪80年代之后，在混沌科学广泛被接受，混沌系统演变过程对初态非常敏感，内部的无穷嵌套结构具有标度变换的不变性，局部放大后与整体相似。
混沌是决定性动力学系统中出现的一种貌似随机的运动，其本质是系统的长期行为对初始条件的敏感性。因此对混沌系统的管理多表现为对突变效应的系统影响式管理。
5、复杂系统——系统智商的文化渗透式管理
复杂系统爬上桌面以后，我们对系统的认知上升到一个更高的高度。西方自从笛卡尔以来，把学科分得无限细，以至于两个分子物理学家彼此喝酒聊一晚上，都不知道对方在说什么。上世纪60年代有识之士开始反省，所有的学科海量系统背后，是不是能够寻找到一个超级母科学，终于大有所成，这门科学就叫Chaos，混沌，后来混沌发育为一门更博大的科学，叫复杂系统。复杂系统是混沌系统的升级版，它们中间有很多的类似性。
复杂科学认为，所有的系统，尤其是高等系统，它其实是有规律的，只不过它的规律是个很复杂的规律，只是正常视角没法发现和界定而已。
战略或文化分明就是个复杂系统，一个企业更是一个大尺度的复杂系统，还不是简单的生物系统。简而言之，生物系统相对是静止的，复杂系统是发育中的，持续变得更复杂，今天比昨天复杂，明天比今天复杂。大系统当中不断孕育出多层次的小系统，小系统当中有微系统，大系统外面有巨系统在复杂化，成长和发育，巨系统外面有超巨系统在演进。
 企业可被视为一个大的复杂系统。从大系统内部来看，它是一个管理者和学习者。一方面与部门、产品等中小系统逐渐地发生反应，管理着内部的中小系统；另一方面，其又被中小系统所反作用，并逐步地学习和调整。从外部来看，它一方面被外部影响，一方面在和外界产业链大系统交换能量，很智慧的和外界交换能量，管理外界。
简单而言，复杂系统里面，每天每时每刻会发生多次的化学反应，多次的蝴蝶效应。企业所能做的就是抑制负面，不可被管理的蝴蝶效应。管理和加工，驾驭那些正向，可能令企业发达的蝴蝶效应。
雅芳、安利根据这些理论，重新设计它的传销系统，在全球盘大了。美国根据这个理论，构筑它多层次的联盟体系，分别与不同国家，组织形成了双边对话机制，多边对话机制，课题对话机制和临时性联盟机制等等，来扩展它的影响力。
6、系统发展背后的结构性思维变迁
人们对系统认知的变迁其背后原因复杂，这与人类文明历史的进程息息相关，背后是社会认知心理的现实反应。人类对系统的认知经历了神秘系统、神造系统和现代可认知系统的变迁。
在远古时代，人们对于社会充满陌生感，也没有探究到认知社会等系统的有效方法论，因此所有的系统充满了神秘感，对于人的认知来说，这些系统就是神秘系统。
在时代的发展过程中，人们慢慢了解与探索到了一些对系统的认知，也逐渐掌握到了一些认识工具，但对绝大部分的系统特点仍充满了不解，于是，人们充分发挥自己的想像力去感知整个世界，对于不明白的事物，人们创造了一个可以解释一切的对象：神和上帝！他们让人们开始相信，世界是可知的！尽管这个阶段，人们仍然充满了无知。
伴随而来的探索，人们不断寻求到了科学的方法，部分人认为，通过建立科学的方法，寻找到科学的理论与工具，现代是可认知的，而且是可以被充分管理的，因此科学的系统的认知方法在不断前进，而在整个系统认知的历史进程中，现代科学的可认知系统理论与神造系统理念在不断的发生冲突，而随着时间的不断后续延进，现代可认知理论不断赢得了人们的认可。
复杂性科学所感兴趣的正是最后一种有组织的复杂系统。因为对于前三种系统来说，传统的牛顿力学范式的分析方法已经给出了这类系统行为的很好的解释。而对于第四类和第五类系统，由于其元素数目太多，必然是元素间的耦合展现出复杂性，从而应对复杂系统必须应用复杂的理念和多手段交互使用的方法去运用和管理。