通过自贸区的进口电商与海淘的差别主要在于售后服务、物流成本、通关手续上。海淘虽然产品较为便宜，但物流成本及费用较高，物流时间长，以美国海淘为例，从购买到拿到货，一般都需要15-30天不等的等待时间；而自贸区购与此最大不同在于物流上采用“仓储保税进口”自贸区的模式，在保证货物来源是国外的基础上，可以实现物流成本的大幅降低，只需要很短的时间便可以收到货。
虽然通过自贸区的进口电商物流成本较低，但由于需要将批量货物运送至保税区存储，对于跨境电商企业资金流动风险也会加大，对售后服务来说，海淘产品的售后服务大部分只针对本土国有效，而且退换货成本也很高，即便是全球联保的产品，由于海关对个人物品的收税是以抽查为主，所以在自用范围内的物品有相当一部分是没有被依法收取关税的，这也是海淘价格更加低的重要原因，但产品有可能因无法提供相应关税证明，从而无法在中国地区享受相关售后联保服务。而对于自贸区内的跨境进口电商来说，售后服务相对会有保障一些。因为自贸区的进口电商从境外进口批量货物相当于一种公司行为，相应公司直接面对消费者会更有保障，而海淘很多时候是一种个人行为。对消费者来说，无论是海淘还是自贸区购，消费产品都必须在自用范围内，都限制了金额与总数量。跨境电商通过实名制来限制，而海淘的产品数量若超过了自用范围，有被海关退运的风险。